Après un début de carrière dans le privé dans le secteur du bâtiment, d’abord en entreprise et ensuite comme maitre d’œuvre, dont une partie à son compte, Franck Annequin a travaillé plus de 21 ans à l’Institut Mines Télécom et tout particulièrement pour l’école d’ingénieurs, Télécom Paris.
Successivement directeur immobilier et des services généraux, directeur administratif et financier puis secrétaire général, membre du comité de direction, il a accompagné Télécom Paris dans son développement en assurant une gestion optimisée des ressources et en pilotant des projets structurants. Parmi eux, il a notamment conduit un important programme de travaux de rénovation en site occupé, la mise en place de la nouvelle réglementation sur la gestion budgétaire et comptable publique et du système d’information dédié, ou encore le déménagement de Télécom Paris sur le plateau de Saclay.
En plus de ses fonctions, il a également contribué à des partenariats au sein de l’enseignement supérieur. En effet, il a notamment piloté la création du groupement d’intérêt public « concours commun Mines Ponts » en 2013 ou, plus récemment, assuré la responsabilité du « comité vie de campus » de l’Institut Polytechnique de Paris dans le but de développer le campus pour l’amener au canon international des universités renommées.